Muzeul Mitropolitan Iași este organizat tematic, în șapte săli: 1. Sala Sinaxar Expoziția de bază a acestei săli este dedicată iconografiei Sinaxarului Bisericii Ortodoxe. Este un spațiu pregătit să găzduiască și diferite evenimente culturale. 2. Sala Ofrandă Expoziția din această sală ilustrează tema darului ritual în patru ipostaze: – oul roșu și oul muncit pentru Sfintele Paști; – pâinea rituală; – daruri către Sfântul Altar; – darul de muncă (trudă a mâinilor); 3. Sala Ctitorilor Zonele de expunere sunt cei doi pereți laterali, cu suprafețe generoase, continue, ce permit organizarea în acest spațiu a expozițiilor temporare realizate de diverși creatori din zona Moldovei. ... 4. Sala Ekklesia În acest spațiu sunt expuse obiectele folosite la săvârșirea Tainelor și a Ierurgiilor din viața omului, de la naștere până la înmormântare. 5. Sala Calea Crucii Este un culoar îngust ce înconjoară prin exterior, fundația catedralei, pe care o face vizibilă prin cele 30 de nișe cu dimensiuni variabile, în care se organizează diverse expoziții temporare până la montarea expoziției de bază, propusă a fi lapidariu. 6. Sala Istoria Duhovnicească a Moldovei Sala dispune de șase vitrine de perete, în care sunt prezentate repere marcante din cele peste șase secole de la recunoașterea oficială de Patriarhia de Constantinopol a Mitropoliei Moldovei (1401). 7. Sala Baptisteriu Sala este organizată în jurul bazinului în care se săvârșește Taina Sfântului Botez pentru adulți, care dă și numele sălii. Bolta centrală, pictată de maestru Grigore Popescu, se sprijină pe opt coloane, având în partea superioară o deschidere care coincide la exterior cu Fântâna lui Mihail de Hodocin. Spațiul este amenajat cu 14 nișe, absidiole, în care sunt expuse veșminte vechi ale mitropoliților Moldovei. Obiectele de patrimoniu folosite pentru organizarea expoziției de bază au aparținut Mitropoliei și reflectă istoriei religioasă a acestui locaș de cult.