Cele două instituții muzeale din municipiul Aiud își au începuturile în vechiul RARITATUM ET RERUM NATURALIUM MUSEUM` fondat în anul 1796 la inițiativa profesorului Benkő Ferencz (1745-1816), care a organizat pentru prima dată colecțiile existente în cadrul colegiului Bethlen din localitate. În anul 1950 a avut loc separarea muzeului de școală și totodată divizarea colecțiilor, fiind constituite astfel cele două muzee din localitate: Muzeul de Științele Naturii și Muzeul de Istorie. Patrimoniul Muzeului de Științele Naturii dispune de aproximativ 29 000 de piese muzeale din diverse domenii ale naturii, repartizate pe baza criteriilor științifice în urmatoarele colecții : colecția de roci și minerale..., colecția de paleontologie, colecția de plante presate (Herbarul), colectia de zoologie - preparate umede si uscate, animale impaiate. O parte din piesele pe care muzeul le deține, sunt expuse în patru săli, fiecare având un specific al său. O plimbare prin sălile muzeului vă poartă de la cele mai primitive forme de viață până la marea diversitate a lumii animale din zilele noastre. În prima sală sunt expuse colecțiile de paleontologie, mineralogie și petrografie.Colecția de paleontologie, prin fosilele provenite în marea lor majoritate din diferite zone ale Transilvaniei, vorbește despre trecutul geologic al regiunii. Colecția de minerale, cuprinde eșantioane provenite atât din România cât și din alte țări, exponatele fiind clasificate pe diferite grupe de compuși chimici.Tot în această sală se pot vedea fragmente de meteoriti. Din sala a 2 a începe prezentarea animalelor din fauna actuală a globului. Exponatele sunt dispuse în ordine sistematică, începând cu cele mai simple animale, nevertebratele (spongieri, celenterate, viermi, moluște, artropode) și continuând cu primele grupe de vertebrate (pești, amfibieni, reptile). Tot în această sală sunt expuși așa numiții '''monștrii'', respectiv animale și fetuși umani cu malformații. Cea mai atractivă îndeosebi pentru vizitatorii elevi, sala a 3 a cuprinde colecțiile de păsări și mamifere ale muzeului, cu specii de pe toate continentele, cu multe rarități, chiar endemisme. Ultima sală cuprinde exponate care ilustrează evoluția scheletului la vertebrate, încheind cu scheletul uman. Tot aici este expusă o parte a colecției de ouă a muzeului, cuiburi ale unor specii de păsări. În scop didactic a fost realizată o expoziție de mulaje reprezentând principalele rase umane de pe Glob.