Muzeul de Paleontologie-Stratigrafie deține peste 50.000 de eșantioane constând în fosile și roci. Acestea sunt organizate în funcție de aria de proveniență, vârsta geologică și criterii taxonomice specifice, în mai multe colecții distincte: Colecția taxonomică de paleontologie, Colecția Bazinului Transilvaniei, Colecția de tipuri, Colecția de stratigrafie și Colecția în aer liber. Prin bogata colecție de fosile pe care o deține, Muzeul de Paleontologie-Stratigrafie reprezintă, prin tradiție, o bază didactică și științifică de referință în domeniul științelor naturale, jucând un rol important în procesul de formare profesională și specializare al studenților naturaliști, cadrelor didactice și cercetători...lor. Prezentarea colecției permanente, expozițiile temporare și programele educaționale organizate în cadrul muzeului sunt direcții prin care Muzeul de Paleontologie și Stratigrafie dorește să susțină și dimensiunea civică, pro societate. Organizarea unor evenimente sau activități cultural-educative pentru comunitate sunt importante atât pentru promovarea geologiei ca știință, cât și pentru promovarea patrimoniului muzeal deținut.