Muzeul Zoologic, parte a Universității ''Babeș-Bolyai'', este adăpostit la parterul clădirii în care se află Facultatea de Biologie. Planul după care a fost construită această clădire este identic cu cel al Institutului de Zoologie din Napoli și a fost ridicat în jurul anului 1912. Înființat în 1859, ca o secție a Muzeului Ardelean, muzeul și-a sporit treptat zestrea, numărând în prezent peste 200.000 de piese. Un rol deosebit, l-a avut și Expediția Română Transafricană din 1971, la care au participat și cercetători clujeni și de pe urma căreia s-au putut face numeroase completări cu piese exotice originare africane. Muzeul Zoologic este format din mai multe colecții științifice de animale (colecția m...alacologică Biltz, colecția lepidopterologică Franzenau, colecția de izopode Radu etc.). Ca valoare științifică și după numărul de exemplare conservate, muzeul se situează pe locul al doilea, după Muzeul ''Gr. Antipa'', din București. Muzeul este împărțit în trei zone: expoziția propriu-zisă, ce cuprinde un număr mare de vertebrate și nevertebrate, expuse izolat sau în diorame și microdiorame care reproduc cadrul natural; colecțiile științifice, care cuprind peste 300.000 exemplare de animale (din care majoritatea sunt insecte), și care sunt accesibile doar specialiștilor; rezerva muzeului, a cărui material biologic este expus temporar sau se completează expoziția. Exponatele se prezintă sub mai multe forme de conservare împăiate, uscate, preparate în lichide conservante și schelete. Piesele expuse, sunt aranjate atât în ordine filogenetică, reflectând de la simplu la complex evoluția regnului animal, cât și sub formă de diorame, arătând în acest fel interrelațiile dintre speciile care formează lumea animală. Pe lângă speciile autohtone, o mare parte din exponate sunt din fauna exotică, cum este de exemplu, colecția de corali, scoica-de-perle (Meleagrina margaritifera), scorpionul african (Pandinus imperator), fluturele migrator Monarh (Danaus plexipus), o varietate întreagă de stele-de-mare, pești Dipnoi, peștele-electric african (Malapterurus electricus), mâna Sfântului Petru (Zeus Faber mauritanicus), șarpele sud-american surucucu (Lachesis atrox), o specie de șarpe marin (Pelamis bicolor), dropia-gulerată (Chlamydotis undulata), găinușa de deșert (Sierrapthes paradoxus), pasărea paradisului (Paradisea apoda), tucanul (Ramphasthos toco), cangurii (Protemnodon rufogrissea), ursulețul-spălător (Procyon lotor), girafa (Giraffa camelopardalis), mangusta (Herpestes ichneumon), grupul de feline mari (Felis leo, F. tigris, Panthera onca) și multe altele. De asemenea avem expuse și animale care reprezintă rarități, specii dispărute, sau endemisme, ca de exemplu nautilul (Nautilus sp.), relict din era primară, care se găsește doar in Oceanul Pacific, (Lymulus polyphemus) singura formă actuală din grupul demult dispărut al Trilobiților, asperetele (Romanychtis valsanicola), care se găsește doar în apele râului Vâlsan și câțiva afluenți, tuatara (Sphenonon punctatus) care trăiește în Noua Zeelandă și care este rudă cu reptilele preistorice, pasărea kiwi (Apterix oeweni) tot din Noua Zeelandă, porumbelul-evantai (Goura victoria) vulturul-bărbos (Gypaetus barbatus) și vulturul pleșuv (Aegypius monachus) ambele specii dispărute definitiv din fauna țării noastre, ornitorincul (Ornithorhynchus anatinus) și echidna (Zaglosus brujnei) din Australia. Aspectele comportamentale ale vieții animalelor sunt relevate în mai multe moduri. Spre exemplu, avem expuse insectare tematice în care sunt arătate variațiile de talie ale fluturilor în anotimpul ploios și secetos, aspecte de homocromie copiantă și mimetism la fluturi și larve și de asemenea etape ale elaborării firului de mătase la fluturele-de-mătase (Bombix mori). De asemenea, viața păsărilor de stufăriș, cu tipurile de cuiburi pe care acestea le construiesc, precum și diorama cu fauna câmpiei Bărăganului, alcătuiesc o zonă informațională sugestivă. Exemplarele de colibri, atrag atenția prin variația coloritului schimbător în funcție de lumina care cade pe corpul lor cât și prin felul cum se hrănesc. De un interes deosebit este și microdiorama în care se află expuși grangurii (Oriolus oriolus). Aici este prezentat atât fenomenul de dicromism sexual, precum și locul în care este construit cuibul și ponta. O dioramă deosebit de reprezentativă este și cea în care este arătată lupta pentru existență pe timp de iarnă într-o pădure din zona noastră, și care alcătuiește totodată un spațiu explicativ bine documentat. În ceea ce privește colecțiile științifice, acestea sunt depozitate în majoritate într-o sală. Mai există însă și colecții tematice expuse în sălile muzeului.