Clădirea muzeului face parte din complexul arhitectural medieval numit Cetatea Aiudului, situat în zona centrală a vetrei oraşului. A fost construită pe latura nordică a zidului de incintă, în stil gotic transilvănean, fiind alcătuită din Turnul Porţii, datând din secolul al XIV-lea, şi un edificiu adosat laturii sale vestice, pe axa EV, din secolele XVI - XVII. Construit iniţial pentru prelaţii Bisericii romano-catolice, în 1538 este menţionat drept castel de către un proprietar cu preocupări militare. În 1556 ajunge în proprietatea principilor transilvăneni, împreună... cu restul domeniilor capitlului Bisericii catolice. Între 1613 - 1629 a aparţinut principelui Gabriel Bethlen. În funcţie de aceste stăpâniri, edificiul a fost denumit Castelul/Palatul Princiar sau Castelul/Casa Bethlen. Mai târziu va purta denumirea de Casa Nobililor. De-a lungul timpului, clădirea a cunoscut mai multe modificări la acoperiş, la ancadramentele uşilor şi deschiderile ferestrelor, mai ales în secolele XVII - XVIII, dar şi XIX. În jurul anului 1940 edificiului i-au fost alipite câteva anexe. Clădirea a beneficiat doar de câteva reparaţii, în urmă cu peste două decenii. Sunt expuse piese de istorie veche şi arheologie datând din neolitic până în evul mediu timpuriu: depozite de bronzuri hallstattiene (Cetea, Crizbav, Aiud, Zagon, Şpălnaca I şi II), piese scitice şi celtice, coiful militar roman de bronz de la Lunca Mureşului, monumente romane epigrafice şi sculpturale, obiecte din villa rustica de la Aiudul de Sus. Ca instituţie de cultură specifică, muzeul a luat fiinţă în 1796 sub denumirea de RARITATVM ET RERVM NATVRALIVM MVSEVM, pe lângă Colegiul Academic Reformat Bethlen. Iniţial, valorile din domeniul istoriei au fost încadrate în grupa "rarităţilor", împreună cu anumite piese din domeniul ştiinţelor naturale. Abia în 1862, prof. Szathmary Karoly organizează prima colecţie de antichităţi, inclusiv obiecte din epoci mai recente. În 1822 ia fiinţă o colecţie numismatică, care în 1863 va fi completată şi cu o colecţie de monede şi medalii a grofului Miko Imre. La dezvoltarea colecţiilor au contribuit substanţial prof. Herepey Karoly - custode al colecţiei de antichităţi între 1881 - 1896, ca şi Fenichel Samuel - fost angajat al Muzeului de Antichităţi din Bucureşti, dar şi explorator al Noii Guinee şi cercetător al vieţii papuaşilor. Prin Hotărâre de Guvern, în 1950 muzeul a fost separat de şcoală, fiind transformat în două instituţii de cultură distincte: Muzeul de Istorie şi Muzeul de Ştiinţele Naturii.
Location